Согласно легендам, ниндзя были отважные, тренированные люди, прошедшие ещё с детства подготовку в очень сложном искусстве ниндзюцу, которое включало в себя очень много умений. Ниндзя должен был прежде всего добывать нужную информацию и уметь её доставить, владеть любым предметом как оружием (основа — обучение владению оружием и принцип подобия использования), обороняться от любого оружия (в том числе и голыми руками), внезапно появляться и незаметно скрываться, знать местную медицину, траволечение и иглоукалывание. Они могли долго находиться под водой, дыша через соломину, лазать по скалам, ориентироваться на местности, тренировать слух, зрительную память, лучше видеть в темноте, обладать тонким обонянием и многое другое.

Инициация проводилась, как и в самурайских семьях, в 15 лет. Тогда юноши и девушки переходили к изучению дзэн-буддизма и сянь-даосизма.

Политически ниндзя были вне системы феодальных отношений, они имели свою структуру. Более того — они были «хинин» — вне структуры общества, не имели своего признанного места в нём, а могли занимать любое, хотя своё место было даже у крестьянина, торговца. Древние ниндзя были разбросаны по всей стране, но основное средоточие их — лесные окрестности Киото и горные районы Ига и Кога. Иногда кланы ниндзя пополнялись самураями, потерявшими своих покровителей (т. н. ронинами). Само применение термина «клан» неверно, поскольку он предполагает обязательное существование родственных уз, что было далеко не всегда. К XVII в. насчитывалось 70 кланов ниндзя. Самыми могущественными были школы Ига-рю и Кога-рю. Формирование сословия ниндзя шло параллельно со становлением сословия самураев, но так как последние в силу своей власти стали господствующим классом, то ниндзя заняли место разветвлённой шпионской сети. Более того — «нин» (иное прочтение «синоби») значит «тайный», они не могли действовать явной силой. Сама природа нин-дзюцу этого не позволяла. Однако, «демоны ночи», как их называли, наводили ужас на самураев и князей. В то же время, ниндзя практически никогда не убивали крестьян, так как те могли им всегда помочь. Кроме того, убийство не было основным профилем ниндзя. Их призвание было — шпионаж и диверсии. Личина торговца, циркового акробата, крестьянина — все они помогали скрытно передвигаться по стране, а другие такие же люди создавали массовку, позволяя оставаться скрытыми оставаясь на виду.

Ниндзя выходят на историческую арену в XIV-XV вв. их расцвет приходится на XVI век; очень широко используются Токугава Иэясу при противостоянии с наследником императора Теотоми Хедеери и его матерью Асаи Ёдогими, которое длилось около 15 лет, так же при вооруженных столкновениях и захвате власти им; с прекращением феодальных войн и установлением внутреннего мира с сёгунатом Токугава (начало XVII в.) ниндзя пропадают с политической арены за отсутствием спроса на их услуги и к XIX о них практически ничего не известно.

Конечно, отношение к «ночным воинам» может быть различным. Но, несомненно, одно: это были бесстрашные воины, в совершенстве владевшие уникальным воинским искусством, готовые ценой собственной жизни выполнить задание любой сложности. Их изобретательности, сообразительности и смекалке не было границ. Пожалуй, мало кто еще внес в развитие военной науки такой вклад как ниндзя, начиная от разработки всевозможных видов оружия до создания совершенных тактик ведения боя.

Система подготовки воинов ниндзюцу, по мнению многих, была сильно извращена в моральном смысле: тайным воинам были чужды такие понятия как порядочность, сострадание, ненависть, честь и т.п. И это не удивительно. Ведь все это могло бы быть серьезным препятствием в их деятельности: порядочность не позволила бы им браться за любой род заданий, сострадание могло привести к собственной гибели, ненависть мешала объективной оценке противника, чувство собственного достоинства могло быть помехой Для выполнения приказа. Главным мерилом эффективности действий ниндзя служил результат. Воин не мог позволить себе никаких слабостей и излишеств, ведь ценой ошибки была его жизнь. У воина ниндзюцу не могло быть друзей, были лишь партнеры, которые зачастую превращались в противников.